Im Raumordnungsverfahren prüfen Landesbehörden die Vereinbarkeit des Vorhabens mit den Erfordernissen der Raumordnung und Landesplanung. Hierzu werden die Varianten bezüglich ihrer Auswirkung auf die Belange der Umwelt und der Ziele der Raumordnung bewertet. Anschließend werden die Fachbehörden gebeten, eine Stellungnahme zur Raumordnungsunterlage der Bahn zu verfassen. Im Falle der NBS Gelnhausen–Fulda wurde auch der Öffentlichkeit ermöglicht, Stellung zu nehmen. Die Landesbehörden erörtern die Stellungnahmen mit den Einwendenden und der Deutschen Bahn, bevor eine Landesplanerische Stellungnahme erstellt wird. Beim Ausbau bestehender Strecken ist kein Raumordnungsverfahren nötig.